Ya en los años 30, el Alto de Zorroaga, fue elegido por Diputación y Ayuntamiento, que formaban parte de la Junta de Beneficencia, como el lugar idóneo para ubicar un nuevo hospital para la capital y su provincia.

Se iniciaron las obras hasta terminar la estructura completa del edificio pero, la guerra civil, obligó a paralizar la construcción. El pabellón previsto para tuberculosos, fue cedido al estado -Patronato Nacional de Lucha Antituberculosa- dando lugar al Hospital de Enfermedades del Tórax.

El Hospital de Enfermedades del Tórax comenzó su actividad en el verano de 1952, aunque su inauguración oficial se celebró el 12 de agosto de 1953, en el pabellón previsto para tuberculosos que fue cedido al Estado. Se trasladaron al nuevo hospital las pacientes del sanatorio de mujeres de Nuestra Sra. De las Mercedes en Uba y los niños del pabellón infantil Doker del Hospital San Antonio Abad de Gros. En 1955 se procedió al ingreso de los pacientes del sanatorio de hombres de Andazarrate.

En 1957 se acuerda utilizar el pabellón previsto para Escuela de Enfermeras y dedicarlo a Hospital Provincial, con 165 camas. Este edificio se inauguró el 19 de marzo de 1960. Ya existía el Sanatorio Psiquiátrico, construido en esa zona en 1944. Ambos centros, dependientes de la Diputación Foral, constituirían el Hospital Provincial.

Por su parte, desde mediados de los años 50, el Instituto Nacional de Previsión, se planteaba construir un nuevo centro sanitario en San Sebastián y, para ello, se puso en contacto con la Diputación, propietaria de los terrenos en los que, 20 años antes, se habían iniciado las obras de lo que iba a ser el Hospital de San Sebastián y que quedaron paralizadas por la guerra civil.

La Residencia Sanitaria del Seguro Obligatorio de Enfermedad, fue inaugurada el 15 de agosto de 1960. El día anterior se había efectuado el traslado de los primeros pacientes: las mujeres y los niños que estaban ingresados en la maternidad de la villa San José de Ategorrieta.

Hasta entonces, la sanidad pública en Gipuzkoa apenas contaba con la maternidad antes citada y el Hospital San Antonio Abad, conocido popularmente como Hospital de Manteo, en el barrio de Gros. El Alto de Zorroaga tenía, desde los años 60, tres centros hospitalarios públicos, que atendían a la población guipuzcoana desde organismos distintos. Con los distintos decretos de transferencias desde diciembre de 1987, los tres centros hospitalarios pasan a formar parte de la Red de Osakidetza en Gipuzkoa.

En 1981 el Hospital del Tórax se transfirió al Gobierno Vasco y en 1985 recibió el nombre actual de HOSPITAL DE AMARA. Con los años, la disminución de la incidencia de la tuberculosis y, por tanto, de las necesidades en esta área, el hospital dirigió su atención a las patologías crónicas respiratorias.

Progresivamente, el centro, tras acometer importantes obras de acondicionamiento para mejorar sus instalaciones, quedó orientado como hospital de media y larga estancia, para la atención de enfermos crónicos. En los últimos años, potencia el Servicio de Rehabilitación, con una planta de 47 camas y un gimnasio totalmente renovado.

En el año 1985, EL HOSPITAL DE GIPUZKOA, antiguo Hospital Provincial, pasa a integrarse en la red de Hospitales de Osakidetza como centro de agudos, atendiendo a una comarca sanitaria formada por 15 municipios y una población de 160.000 habitantes.

Cuenta con un área especializada de psiquiatría de agudos para toda Gipuzkoa y amplia experiencia extrahospitalaria en los Ambulatorios de Gros, Larzabal y Pasaia San Pedro. Es, además, un centro de referencia para la Comunidad Autónoma de Euskadi en algunas especialidades médicas.

EL HOSPITAL ARANTZAZU, antigua Residencia Sanitaria, se integra en la red sanitaria vasca con el decreto de transferencias de 1987. Es un centro hospitalario de carácter terciario, con importantes funciones docentes y de investigación, dedicado esencialmente al tratamiento de patologías agudas.

Atiende directamente a San Sebastián siendo además, hospital de referencia para Gipuzkoa. Cuenta igualmente con una importante presencia extrahospitalaria; concentrada fundamentalmente en el Ambulatorio de Gros. Tiene acreditación docente, así como la mayoría de las especialidades médico-quirúrgicas.

A partir de este momento, las tres instituciones sanitarias, situadas en un entorno común pueden tener abierto el camino hacia la integración de sus servicios.

Aunque existió algún intento previo, es en el año 1995 cuando se inicia el proceso de unificación de los tres hospitales públicos. Resultaba necesario saber si la estructura, organización y funcionamiento de los tres hospitales públicos eran los más adecuados para atender a los ciudadanos con el mayor nivel de rapidez, calidad, eficiencia y eficacia o si bien podían ser mejoradas. Y, para ello, se elabora un Plan Estratégico para los Hospitales Públicos de Donostia.

Se forma un grupo de trabajo en el que participan profesionales de los tres hospitales para, entre todos, buscar, a través del consenso, una solución a la situación.

En resumen, se propuso un cambio con la intención de que beneficiara a todas las partes implicadas. De manera prioritaria al paciente, pero también al conjunto de los profesionales y a la organización en su conjunto. Además el método de decisión debería ser, en lo posible, el consenso.

El 22 de abril de 1996 se inaugura el puente de conexión entre los hospitales de Gipuzkoa, Aranzazu y Amara, la primera de las actuaciones que hacen visible la unión.

Un mes antes, el Consejo de Dirección del Departamento de Sanidad había asumido las recomendaciones del grupo de trabajo. Era el "pistoletazo de salida" para el inicio de un camino que implicará un cuidado plan de comunicación dirigido al conjunto de los trabajadores, la creación de distintos grupos de coordinación y la puesta en marcha del Laboratorio Unificado de Donostia.

En efecto, la unificación de los laboratorios de Osakidetza en Donostia es un proceso que se inicia en 1995 y se basa en la reflexión estratégica, la búsqueda de consensos y la planificación funcional.

El Laboratorio Unificado se crea sobre la base de seis laboratorios de origen y se plantea, además de atender a la demanda ya existente, buscar nuevos mercados; mejorar la utilización de los recursos humanos, económicos y tecnológicos, generando avances en todos los frentes: satisfacción, calidad, … Un ejemplo del trabajo realizado es el Servicio de Bioquímica, al que se le asignó la superficie que anteriormente ocupaba el mismo laboratorio del Hospital de Aránzazu para una producción 3 veces mayor.

Con el fin de aprovechar al máximo el espacio se decidió aplicar la reingeniería de procesos, trabajando en una estructura abierta, con personal polivalente y reduciéndose al máximo la extracción de sangre a los pacientes.

El 25 de mayo de 1998, se inauguró oficialmente el Laboratorio Unificado Donostia. Sus cinco servicios (Urgencias, Microbiología, Hematología, Inmunología y Bioquímica) son hoy referentes para el conjunto del Territorio de Gipuzkoa.

Un año más tarde y, por Orden del Consejero de Sanidad de 22 de mayo de 1997, se creó el Complejo Hospitalario Donostia con una idea clave: "combinar eficazmente las ventajas organizativas de lo grande con las ventajas que provienen de la gestión de lo pequeño". En el mes de agosto José Antonio Aguirre Elustondo se le nombró Gerente del Complejo. En apenas tres años, se consiguieron fusionar los servicios generales de apoyo y servicios generales técnicos.

También se fusionaron servicios generales clínicos y asistenciales como anatomía patológica, cirugía vascular, radiología intervencionista o neurocirugía. Otros servicios se encuentran actualmente en pleno proceso de convergencia.

Al mismo tiempo, desde el Complejo Hospitalario Donostia se potenciaron los servicios alternativos a la hospitalización y servicios de apoyo como cuidados paliativos, epidemiología clínica o la unidad de trasplantes.

Para la creación del Complejo fueron necesarios no solo cambios en el seno de la propia organización sino también otros de carácter estructural, obras e inversiones. Entre ellas, es importante resaltar la construcción de un nuevo edificio de tres plantas, en la que el nuevo bloque quirúrgico ocupa la planta primera con siete quirófanos, cinco de los cuales son para cirugía programada, uno de cirugía urgente y otro de radiología intervencionista.

El Hospital Donostia se creó el 14 de febrero de 2001 por acuerdo del Consejo de Admnistración del Ente Público Osakidetza/Servicio vasco de salud que, al mismo tiempo, suprime las organizaciones de servicios sanitarios integradas en el Complejo Hospitalario Donostia, nombrando para esta nueva etapa Gerente del Hospital Donostia a Juan José Mujika.